Kolej kediaman ini telah dibuka secara rasmi pada Jun 2000, di mana pada ketika itu, kolej ini terbahagi kepada dua buah, iaitu kolej kediaman Anugerah dan Kolej kediaman Bestari. Sebahagian besar penghuni gabungan kolej kediaman Anugerah dan Bestari ini pada asalnya dipindahkan dari Kolej Jalan Tuaran setelah bangunan asrama Kampus Tetap Universiti Malaysia Sabah siap sepenuhnya.
Kedua-dua kolej ini telah digabungkan menjadi Kolej Kediaman Anugerah Bestari hasil buah fikiran Timbalan Naib Canselor Hal Ehwal Pelajar & Alumni pada ketika itu, Yang Berbahagia Prof. Datuk Dr. Mohd. Noh Bin Dalimin pada Jun 2004. Pengetua baru bagi Kolej Kediaman Anugerah Bestari pada ketika itu adalah Dr. Jualang @ Azlan Gansau..
Sehingga kini, Kolej Kediaman Anugerah Bestari boleh memuatkan penghuni seramai 2 293 orang, di mana kapasiti bagi kolej Anugerah adalah seramai 1 182 orang manakala kolej Bestari boleh memuatkan seramai 1 111 orang penghuni. Kolej ini juga mempunyai 16 buah bangunan asrama di mana reka bentuknya seakan-akan chalet bertingkat. Terdapat juga sebuah bangunan kafeteria, sebuah dewan serbaguna, sebuah bangunan pentadbiran Hal Ehwal Pelajar Kolej Kediaman dan sebuah bangunan Jakmas Anugerah Bestari.
